กลไกการทำงานของอาเซียน มีดังต่อไปนี้
1. การประชุมสุดยอดอาเซียน (ASEAN Summit) เป็นกลไกการบริหารสูงสุด โดยเป็นการประชุมระดับผู้นำอาเซียน ทำหน้าที่กำหนดนโยบายและแนวทางความร่วมมือต่างๆ มีการประชุมทุกปี
2. การประชุมระดับรัฐมนตรีอาเซียน (ASEAN Ministerial Meeting-AMM)เป็นการประชุมประจำปี เพื่อกำหนดแนวทางระดับนโยบายและทบทวนข้อตัดสินใจต่างๆ
3. การประชุมระดับรัฐมนตรีเศรษฐกิจอาเซียน (ASEAN Economic Ministers Meeting- AEM) เป็นการประชุมประจำปีของรัฐมนตรีที่ดูแลด้านเศรษฐกิจของประเทศสมาชิก
4. การประชุมรัฐมนตรีด้านอื่นๆ (Other ASEAN Ministers’ Meeting)ซึ่งจัดขึ้นตามความจำเป็น และเพื่อเร่งรัดการทำงานของคณะกรรมการที่เกี่ยวข้องรวมทั้งหารือเกี่ยวกับโครงการความร่วมมือด้านต่างๆ เช่นการเกษตรและป่าไม้ การศึกษา สวัสดิการสังคม แรงงาน เป็นต้น
5. การประชุมเจ้าหน้าที่อาวุโส (Senior Officials Meeting-SOM) โดยแยกเป็นเจ้าหน้าที่อาวุโสด้านการเมือง เศรษฐกิจ และเฉพาะด้าน เช่นพัฒนาสังคม วัฒนธรรมและสนเทศ สิ่งแวดล้อม วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ฯลฯ
6. คณะกรรมการประจำอาเซียน (ASEAN Standing Committee-ASC) เป็นการประชุมระดับอธิบดีอาเซียนของแต่ละประเทศ ทุก 2 เดือน เพื่อติดตามความคืบหน้าและแก้ไขปัญหาในโครงการความร่วมมือต่างๆ
7. เลขาธิการอาเซียน (ASEAN Secretariat) เป็นหน่วยงานบริหารกลางขององค์การ มีเลขาธิการอาเซียนเป็นหัวหน้าสำนักงาน ได้รับการคัดเลือกจากประเทศสมาชิกให้ดำรงตำแหน่งคราวละ 5 ปี และมีรองเลขาธิการอาเซียน 2 คน ดำรงตำแหน่งคราวละ 3 ปี สำนักงานตั้งอยู่ที่กรุงจาการ์ตา ประเทศอินโดนีเซีย
8. สำนักงานอาเซียนแห่งชาติ (ASEAN National Secretariat) คือกรมอาเซียนในกระทรวงการต่างประเทศของแต่ละประเทศสมาชิก ทำหน้าที่ประสานงานกับส่วนราชการต่างๆ ภายในประเทศสมาชิกอื่นๆ รวมทั้งสำนักเลขาธิการอาเซียนในการดำเนินกิจกรรมต่างๆ